Alors qu'il est pourchassé par un vaisseau cardassien, un petit vaisseau du Maquis disparaît mystérieusement dans une région appelée Badlands, avec à son bord un agent de Starfleet infiltré. La Fédération affrète un nouveau vaisseau, l'USS Voyager, de classe Intrepid, sous le commandement du capitaine Janeway, pour retrouver ce vaisseau et ses occupants. En arrivant dans les Badlands, le Voyager et frappé par un rayon inconnu et se retrouve catapulté dans le quadrant Delta, à 70000 années-lumière de l'espace de la Fédération. Le vaisseau est endommagé et le médecin de bord, tué, est remplacé par le médecin holographique d'urgence. L'équipage découvre alors une étrange entité, appelée le Pourvoyeur, qui déclare veiller sur une planète entière, et retrouve le vaisseau disparu du Maquis. Le Pourvoyeur, très âgé, ne va pas tarder à mourir, et cherche quelqu'un pour prendre sa suite...