Gendo fait son rapport à la mystérieuse SEELE. Les membres passent en revue l'ensemble des événements relatifs aux apparitions d'Anges, et analysent l'état du Plan de Complémentarité de l'Homme. Ce comité étrange délibère sur le futur de l'humanité, mais d'autres travaillent dans l'ombre. Les questions autour de la NERV, des Evangelions et des Anges se font plus difficiles encore. Peu de gens semblent réellement savoir ce qui se passe, même au sein de la NERV. Misato commence à se poser des questions quant à la véritable nature de l'organisation qu'elle sert, et aux plans de Gendo.