Fuyustuki, vice-président de la NERV et bras droit de Gendo Ikari est mystérieusement kidnappé. Son ravisseur n'est autre que Ryoji qui travaille pour la SEELE, mystérieuse organisation qui supervise dans l'ombre les agissements de la NERV. Les membres de la SEELE soupçonnent le Commandant Ikari de chercher à trahir la SEELE et d'agir pour ses propres fins. Au cour de son interrogatoire, Fuyutsuki se souvient de sa première rencontre avec Gendo, avant que ne se produise le Second Impact.